2017年9月21日，深圳市人民政府举办2016年度深圳市科学技术奖颁奖会，深圳药检院“中成药和保健食品中掺杂褪黑素的快速测定方法”，“减肥类中成药或保健食品中酚酞、西布曲明及两种衍生物的检测方法”，“基于食品药品安全性评价的规范化研究及应用”三项成果分获2016年度深圳市科技奖励专利奖、标准奖、科技进步奖（社会公益类二等奖）。至此，深圳药检院连续5年获得深圳市科技奖励标准奖、连续2年获得深圳市科技进步奖、首次获得深圳市科技奖励专利奖。

“中成药和保健食品中掺杂褪黑素的快速测定方法”专利于2015年4月14日获美国专利局授权，入选深圳市2015年知识产权十大事件、曾荣获2014年广东省科技奖三等奖、2016年广东省专利奖（优秀奖）等多次奖励。

近几年来，深圳药检院不断加大科研投入、提升成果产出能力，在保障人民用药安全、推广药学知识传播、建立药品检测标准等方面得到了地方政府和深圳市民的肯定。下阶段，深圳药检院将继续发扬求真务实、勇于创新的科学精神，为深圳加快建设更高水平的国家自主创新示范区，努力建成现代化国际化创新型城市和国际科技产业创新中心作出新的更大贡献。